Γύρω στο 1391, τα Παλαιά Σκάβαλα κατοικούνται και πάλι από Καβαλιώτες που βρίσκουν εκεί καταφύγιο, μετά την καταστροφή της πόλης τους (Χριστούπολις), από το Τουρκικό στρατό.
Σύντομα όμως το χωριό θα κατοικηθεί από Τούρκους, οι οποίοι μάλιστα θα αλλάξουν το όνομα του σε Eski Kavala (eski σημαίνει παλιό).
Από την Παλιά Καβάλα υδροδοτήθηκε κατά τη περίοδο της Τουρκοκρατίας η πόλη της Καβάλας, οι πηγές της άλλωστε αξιοποιήθηκαν και στους Βυζαντινούς χρόνους. Πρόκειται για ένα τεχνικό επίτευγμα της εποχής από τον Ιμπραήμ πασά (1523-1536), όπου μέσα από δεξαμενές, λιθόχτιστα αυλάκια και περίτεχνες γέφυρες έφτανε το νερό έως το υδραγωγείο της Καβάλας, τις γνωστές καμάρες.
Τα πρώτα χρόνια της Τουρκοκρατίας ο πληθυσμός της Παλιάς Καβάλας ήταν μικτός. Το 1528 οι Έλληνες του χωριού έφυγαν και εγκαταστάθηκαν στη Καβάλα όταν αυτή ξαναχτίστηκε. Φιλοξενήθηκαν στην αρχή στο Ιμαρέτ, μαζί με 500 Εβραίους που έφερε ο Ιμπραήμ από την Ουγγαρία και μαζί με αυτούς αποτέλεσαν τους πρώτους κατοίκους της πόλης.
Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας ο αριθμός των κατοίκων του χωριού αυξήθηκε, σύμφωνα με απογραφή του Μουχτάρη ο πληθυσμός του χωριού γύρω στο 1916 ήταν 706 κάτοικοι. Σύμφωνά επίσης με αναφορές η Παλιά Καβάλα, ήταν το διοικητικό κέντρο του ορεινού τμήματος του νομού. Στο χωριό έδρευε ο Τούρκος έπαρχος της περιοχής, το κτίσμα δε που στεγαζόταν το Διοικητήριο σώζεται έως σήμερα.
